Em Palhais sente-se a história em cada recanto, nas faces, nos costumes, na forte identidade de um povo ligado à terra, ao rio e aos primeiro passos dos Descobrimentos Marítimos.
Antes de o Barreiro se afirmar como principal povoação desta secção meridional da foz do Tejo, Palhais constituía o mais importante núcleo populacional da zona, estando ligado à Ordem de Santiago. As origens da sua igreja matriz, dedicada a Nossa Senhora da Graça, andam lendariamente relacionadas com uma figura santiaguista, Paulo da Gama, irmão de Vasco da Gama, informação que, todavia, carece ainda de confirmação documental, podendo ainda haver alguma confusão acerca do empenhamento deste nobre no extinto convento de Palhais e não na igreja paroquial da vila.
Ao certo, sabemos que o templo foi construído nos finais do século XV, mas rapidamente ampliado por forma a desempenhar condignamente as funções de paroquial. Tal reforma terá acontecido por volta de 1530-35, eventualmente na sequência de estragos provocados pelo terramoto de 1531. As obras terão continuado pela década de 30 e 40, e já estariam terminadas em 1553, ano em que uma Visitação da Ordem de Santiago descreve o monumento com os espaços que, genericamente, ainda hoje mantém, faltando fazer apenas o retábulo-mor, em laboração nessa data.
Apesar das suas modestas proporções, a igreja é um monumento relevante no contexto do Manuelino. Em termos planimétricos, é das poucas igrejas da primeira metade do século XVI que não possui distinção entre nave e capela-mor, inscrevendo-se, desta forma, no grupo de igrejas-salão, ainda que sem a monumentalidade das igrejas das Misericórdias ou, ainda mais distante, das igrejas de três naves à mesma altura. Em todo o caso, esta continuidade espacial é uma das principais marcas e afasta-se dos figurinos góticos, marcando claramente o novo tempo artístico.
Palhais é ainda importante para a história dos arquitectos manuelinos, uma vez que a igreja anda atribuída a Afonso Pires, figura ainda largamente desconhecida. O mais natural é que tenha trabalhado para a Ordem de Santiago durante o chamado ciclo manuelino mas, até ao momento, nenhuma outra obra lhe está atribuída. As duas capelas funerárias, que se adossam lateralmente à nave, deverão ser da mão deste arquitecto, e testemunham uma qualidade usual deste período, de estrutura quadrangular e cobertura por abóbadas polinervadas, dotadas de três bocetes decorados com motivos vegetalistas e heráldicos, indicadores dos patrocinadores das respectivas edificações.
Elemento de melhor qualidade artística, o portal é a parcela que foi alvo de classificação. De arco tripartido sobre fustes lisos de bases e capitéis desenvolvidos e marcados por elementos vegetalistas, engloba uma dupla moldura relativamente complexa, trilobada inferiormente e festonada superiormente, terminando em três grinaldas de elementos igualmente vegetalistas. Ao centro, existe um escudete, onde se gravaram símbolos marianos, indicativos do orago do templo.
No século XVII, o monumento foi objecto de algumas obras, como o revestimento azulejar das suas paredes interiores, em painéis geométricos de tipo tapete, característicos de Seiscentos. Mas as principais alterações ocorreram na centúria seguinte (durante a primeira metade ter-se-á erguido a actual torre sineira), em especial após o terramoto de 1755, que sabemos ter causado alguns danos no edifício. Datará dessa altura a anacrónica terminação da empena da frontaria, “em lanços segmentares” ondulados, solução que, pela sua rudeza, contrasta com o portal manuelino.
O processo de restauro iniciou-se em 1956, por intermédio do pároco local, iniciando-se os trabalhos em Agosto do ano seguinte. A reabertura teve lugar a 24 de Maio de 1959, em cerimónia pública de carácter religioso. Entre os achados verificados nessa altura, salientam-se várias sepulturas que foram deixadas no mesmo local, sem que tivesse existido qualquer estudo de âmbito arqueológico, o que dificulta, hoje, um melhor conhecimento do monumento e do contexto em que foi edificado.

in http://www.patrimoniocultural.gov.pt/pt/patrimonio/patrimonio-imovel/pesquisa-do-patrimonio/classificado-ou-em-vias-de-classificacao/geral/view/70349/
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